Yhtymäkokous hyväksyy vuosittain kuntayhtymälle toiminnalliset tavoitteet ja talousarvion sekä taloussuunnitelman kolmelle vuodelle.
Seututoimiston työ rahoitetaan pääsääntöisesti jäsenkuntien maksuilla. Hankkeisiin etsitään myös ulkopuolista rahoitusta.
MAL-verkoston rahoitus perustuu jäsenseutujen, ministeriöiden sekä mm. ARA:n ja Suomen kuntaliiton maksuosuuksiin.